La cottura avviene in contenitori a vaso aperto, portando la massa ad una temperatura tre 85 e 90 °C. In poco tempo si forma una strato di “detriti” composto da frammenti di bucce e bacche e da proteine coagulate. Lo stato viene rimosso e con un semplice colino lasciando così il mosto in cottura limpido e chiaro.
La durata del procedimento è fortemente variabile generalmente compresa tra 24 e 36 ore, sino al raggiungimento della concentrazione desiderata (circa 35-36 Brix). L’eccesso di concentrazione, o innalzamento delle temperature, comporta una degradazione degli zuccheri, con riflessi indesiderati sia sull’aroma che sulle successive fasi di maturazione.
Oltre alla concentrazione del mosto, la cottura induce una serie di reazioni, che coinvolgono principalmente gli zuccheri e concorrono alla definizione del colore e di parte degli aromi tipici dell’aceto balsamico tradizionale. Non va inoltre dimenticato l’effetto di sterilizzazione, che permette una successiva più semplice colonizzazione da parte dei lieviti e batteri presenti in acetaia e pertanto caratteristici di ciascun produttore.